- Był rok 1314, Zieloną Górę nawiedziła wielka zaraza, ponad 700 mieszkańców oddało wówczas życie, ulegając chorobie - wspominał te historyczne wydarzenia biskup Regmunt podczas homilii w Kościele Podwyższenia Krzyża Świętego, który sąsiaduje z historyczną kaplicą. - Skupieni na modlitwie mieszkańcy miasta prosili Boga i Matkę Najświętszą o uratowanie życia. A kiedy tak się stało, zbudowali w podzięce tę kapliczkę - przypomniał biskup.
Świątynia, pierwotnie drewniana, poświęcona Matce Bożej powstała jako wotum dziękczynne za ocalenie części mieszkańców podczas szalejącej w XIV wieku zarazy dżumy, która pochłonęła 700 mieszkańców Winnego Grodu. Ocaleni schronili się poza miastem na terenach porośniętych winoroślą.
W średniowieczu Zielona Góra słynęła z winnic, a ponieważ kaplica stanęła na jednym z ówczesnych wzgórz winnych, zyskała ona miano Kaplicy na Winnicy.
Przez szereg stuleci Kaplica na Winnicy pełniła funkcję sakralną. W wyniku Reformacji przechodziła w ręce protestantów, potem wracała w ręce katolików. Z czasem zamieniono ją na winiarnię, a w drugiej połowie XX wieku przywrócono jej pierwotną funkcję. W 1947 roku budynek za sprawą byłych więźniów obozu hitlerowskiego został gruntownie wyremontowany. W latach siedemdziesiątych XX wieku wokół kaplicy zaczęto organizować działalność duszpasterską w ramach filii parafii św. Jadwigi, przekształconej w 1974 roku w parafię pw. Narodzenia Najświętszej Maryi Panny. Ukoronowaniem wieloletniej pracy kilku tysięcy wiernych było wzniesienie obok kaplicy kościoła pw. Podwyższenia Krzyża Świętego.
Historia Kaplicy szczegółowo opisana jest w książce „Kaplica na Winnicy 1314-2014”. Urząd marszałkowski dofinansował wydanie książki kwotą 5.250 zł. Rocznica wzniesienia Kaplicy jest wspaniałą okazją do przybliżenia dziejów i historii nowoodkrytej „perły” województwa lubuskiego mieszkańcom regionu oraz turystom.
Marszałek Elżbieta Polak podarowała parafii figurę zielonogórskiej winiarki, która w niedzielę stanęła przed wejściem do kapliczki.